Árið 1539 (MDXXXIX í rómverskum tölum)
Á Íslandi
- Vor - Claus van der Marwitzen hirðstjóri kom til landsins og hafði fengið hjá konungi umboð yfir Viðeyjarklaustri og skyldi setjast þar að en sjá munkunum og ábótanum fyrir viðurværi.
- Hvítasunnudagur - Diðrik frá Minden, fógeti, fór til Viðeyjarklausturs ásamt hirðstjóranum og lagði undir sig, rændi og ruplaði, rak munkana á brott og lýsti Viðey eign konungs. Það má telja upphaf siðaskiptanna á Íslandi.
- 10. ágúst - Diðrik frá Minden, var drepinn í Skálholti ásamt mönnum sínum. Hann var þá á austurleið til að taka undir sig eignir klaustranna í Þykkvabæ og Kirkjubæ.
- Ögmundur Pálsson Skálholtsbiskup valdi Gissur Einarsson sem eftirmann sinn og sendi hann til Kaupmannahafnar að taka vígslu.
- Helgi Höskuldsson ábóti í Þingeyraklaustri skikkaður til að fara í pílagrímsferð til Rómar vegna barneignar.
- 5. september - Erlendur Þorvarðarson lögmaður kvað upp dóm á Kópavogsþingi um að Diðrik frá Minden og þeir sem drepnir voru með honum skyldu teljast óbótamenn og þeir sem vegið höfðu að þeim sýknir saka.
- 9. nóvember - Háskólakennarar í Kaupmannahöfn gáfu út leyfi til að prenta mætti Nýjatestamentisþýðingu Odds Gottskálkssonar.
- Fædd
- Einar Sigurðsson í Eydölum, trúarskáld (d. 1626)
- Dáin
Erlendis
- 12. janúar - Karl 5. keisari (Karl 1. Spánarkonungur) og Frans 1. Frakkakonungur undirrituðu Toledo-sáttmálann þar sem þeir samþykktu að gera ekki frekari bandalög við Englendinga.
- 9. febrúar - Fyrstu kappreiðarnar voru haldnar í Chester á Englandi.
- 19. apríl - Karl 5. keisari, fulltrúi kaþólikka gerði 15 mánaða vopnahlé við Philip Melanchthon, fulltrúa mótmælenda í heilaga rómverska ríkinu.
- 30. maí - Hernando de Soto lenti í Tampa Bay í Flórída með 600 manna lið. Hann leitaði að gulli og kom með svín í fyrsta sinn til Norður-Ameríku.
- 18. júlí - Ottómanar gerðu umsátur á virkið Castelnuovo í núverandi Svartfjallalandi. Eftir um 3 vikna bardaga sigruðu þeir spænskan her. Allt af 24.000 létust í átökunum.
- 10. ágúst - Frans 1. Frakkakonungur undirritaði Villers-Cotterêts-tilskipunina, réttarbót þar sem meðal annars var mælt fyrir um að öll opinber gögn í Frakklandi skyldu vera á frönsku.
- 17. ágúst - Uppreisn hófst í Gent í Spænsku Niðurlöndum.
- 4. september - Hinrik 8. Englandskonungur semur um giftingu sína og Önnu af Kleve.
- 15. desember - Í Nýja-Granada (núverandi Kólumbíu) barðist spænski nýlenduherrann Baltasar Maldonado með her sínum gegn frumbyggjum og hafði sigur að lokum.
- Carta marina var prentað í Flórens, fyrsta kortið sem sýndi Norðurlöndin og þar með Ísland nokkuð ítarlega. Það var Svíinn Olaus Magnus sem gerði kortið.
- Fyrsta prentsmiðjan í Norður-Ameríku var gangsett í Mexíkóborg.
- Þurrkur, hungursneyð og plága varð í Henan, Kína.
- Fædd
- 5. desember - Fausto Paolo Sozzini, ítalskur guðfræðingur (d. 1604).
- Dáin
- 12. mars - Thomas Boleyn, jarl af Wiltshire, enskur stjórnmálamaður og faðir Önnu Boleyn (f. 1477).
- 1. maí - Ísabella af Portúgal, drottning Spánar og keisaraynja hins Heilaga rómverska ríkis, kona Karls 5. keisara (f. 1503).
- 7. maí - Guru Nanak Dev, upphafsmaður síkisma (f. 1469).
