Hidrologija
Emajõgi izvire na sjeveroistočnom kraju Jezera Võrtsjärva, od tamo teče prema istoku uz velike meandre, jer teče preko ravničarskog močvarnog kraja, a ukupni pad rijeke ima svega 3,5 metara, pa teče sporo - 3,7 km/h. Emajõgi protiče preko grada Tartua i teče do ušća u Čudsko-pskovsko jezero kod sela Praaga.
Porječje rijeke prostire se na povtšini od 9960 km² (od tog 98 km² u Latviji), Prosječni godišnji protok na ušću je 71,8 m³/s.
Emajõgi redovito plavi u proljeće, tad se razlije u bezbroj starih rukavaca. Povećanje vodostaja na Čudsko-pskovskom jezeru ponekad rezultira time da rijeka poteče uzvodno sve do Tartua.
Rijeka je prvi put dokumentirana - 1224. pod imenom Emaioga. Njeno današnje ime - Emajõgi na estonskom znači Rijeka majka, kojiput se naziva i Suur Emajõgi (Veliki Emajõgi), da se razlikuje od Väike Emajõgija (Malog Emajõgija), koji je jedna od rijeka koje pune Jezero Võrtsjärva.
Emajõgi ima više od 20 pritoka a najveće su; Pedja (122 km), Ahja (95), Elva (72), Amme (59), Laeva (48), Porijõgi (38), Kavilda (26), Mõra (25), Ilmatsalu (23).
Ponekad se Suur Emajõgi (Veliki) i Väike Emajõgi (Mali Emajõgi) smatraju jedinstvenom rijekom - Emajõgi, a i rijeka Pärnu se računa kao Emajõgi.
