Divenuto professionista nel 1986, si aggiudica in carriera 14 tornei ottenendo come best ranking la decima posizione raggiunta nel 1991. Il 1991 è sicuramente l'anno migliore per Magnus Gustafsson: dopo aver iniziato la stagione con le semifinali del torneo di Sydney, grazie al record sulla terra rossa di 41 vittorie a fronte di sole 8 sconfitte conquista i tornei di Monaco di Baviera (primo in carriera), Bastad e Hilversum e raggiunge le finali del prestigioso Master Series di Amburgo (sconfitto da Karel Nováček in 5 set), Kitzbuhel e Praga. A Monte Carlo viene invece fermato nei quarti dal futuro vincitore del torneo Sergi Bruguera. In virtù di questi risultati il 29 luglio entra nella top ten divenendo il decimo giocatore della classifica Atp.
Ottimi risultati vengono poi raggiunti dal tennista svedese nel 1996: alle vittorie nei tornei di San Pietroburgo e (per la terza volta) di Bastad si vanno ad aggiungere gli ottavi di finale raggiunti a Wimbledon (dove supera gli specialisti Todd Woodbridge e Wayne Ferreira) e una campagna autunnale che lo porta a conquistare i quarti nel Master Series di Stoccarda e le semifinali nell'altrettanto importante torneo di Paris Bercy, dove prima di cedere contro il connazionale Thomas Enqvist sconfigge Andre Agassi, Wayne Ferreira e Marc Rosset. Si ritira dalle competizioni nel 2001.
