Mysteeri tarkoittaa uskontoon liittyviä yliluonnollisia ilmiöitä. Esikristillisiä uskontoja, joissa on tällaisia ilmiöitä, sanotaan mysteeriuskonnoiksi. Ne olivat suosittuja antiikin Kreikassa ja Roomassa.
Idän kristillisissä kirkoissa mysteereillä viitataan sakramentteihin. Alkukirkon aikaan ne salattiin pakanoilta.
