Fernando Filoni (s. 15. huhtikuuta 1946) on italialainen roomalaiskatolinen arkkipiispa ja kardinaali. Pappisvihkimyksensä hän sai vuonna 1970. Tammikuussa 2001 hänet nimitettiin apostoliseksi nuntiukseksi Irakiin ja Jordaniaan. Saman vuoden maaliskuussa hänet vihittiin piispaksi Volturnumin titulaariarkkipiispana. Vuonna 2006 hän siirtyi apostoliseksi nuntiukseksi Filippiineille.
Sittemmin Filoni on toiminut muun muassa Kansojen evankelisoinnin kongregaation prefektinä. Kardinaalin aseman hän sai 18. helmikuuta 2012.
