Mae Emmanuelle Marie Charpentier (ganwyd 11 Rhagfyr 1968) yn gwyddonydd o Ffrainc. Enillodd hi'r Wobr Cemeg Nobel ym 2020, gyda'i chydweithiwr Jennifer Doudna.
Cafodd ei geni yn Juvisy-sur-Orge. Cafodd ei addysg ym Mhrifysgol Pierre-et-Marie-Curie, Paris. Ers 2015, mae hi'n cyfarwyddwr Sefydliad Max Planck ym Merlin.
