La Coppa Intertoto UEFA 2007 è stata la 13ª edizione della Coppa Intertoto. Si è svolta in tre turni e le 11 squadre che hanno superato il terzo turno sono state ammesse al secondo turno di qualificazione della Coppa UEFA 2007/08.
Primo turno
Le gare di andata si sono svolte il 23 e il 24 giugno, quelle di ritorno il 30 giugno e il 1º luglio.
| Squadra 1 | Totale | Squadra 2 | Andata | Ritorno |
|---|---|---|---|---|
| Sant Julià | 4-6 | Slavija Sarajevo | 2-3 | 2-3 |
| Tobıl Kostanai | 3-2 | Zest'aponi | 3-0 | 0-2 |
| Valur Reykjavík | 1-2 | Cork City | 0-2 | 1-0 |
| Zagabria | 2-2 (gfc) |
Vllaznia | 2-1 | 0-1 |
| Ethnikos Achnas | 1-2 | Makedonija Ğorče Petrov | 1-0 | 0-2 |
| Baku | 3-5 | Dacia | 1-1 | 2-4 |
| Differdange 03 | 0-5 | Slovan Bratislava | 0-2 | 0-3 |
| Hammarby | 3-1 | KÍ | 1-0 | 2-1 |
| Cliftonville | 2-1 | Dinaburg | 1-1 | 1-0 |
| Šachcër | 4-3 | Ararat | 4-1 | 0-2 |
| Gloria Bistriţa | 3-2 | Grbalj | 2-1 | 1-1 |
| Birkirkara | 1-5 | Maribor | 0-3 | 1-2 |
| Vėtra Vilnius | 6-6 (gfc) |
Llanelli | 3-1 | 3-5 |
| Honka | 4-2 | TVMK Tallinn | 0-0 | 4-2 |
Secondo turno
Le gare di andata sono state disputate il 7 e l'8 luglio, quelle di ritorno il 14 e il 15 luglio.
| Squadra 1 | Totale | Squadra 2 | Andata | Ritorno |
|---|---|---|---|---|
| Maccabi Haifa | 2-2 2-3 (dcr) |
Gloria Bistriţa | 0-2 | 2-0 |
| Dacia | 1-1 3-0 (dcr) |
San Gallo | 0-1 | 1-0 |
| Gent | 6-0 | Cliftonville | 2-0 | 4-0 |
| Cork City | 1-2 | Hammarby | 1-1 | 0-1 |
| Zalaegerszegi | 0-5 | Rubin Kazan' | 0-3 | 0-2 |
| Rapid Vienna | 3-2 | Slovan Bratislava | 3-1 | 0-1 |
| Slavija Sarajevo | 0-3 | Oţelul Galaţi | 0-0 | 0-3 |
| Makedonija Ğorče Petrov | 0-7 | Cherno More Varna | 0-4 | 0-3 |
| Maribor | 2-5 | Hajduk Kula | 2-0 | 0-5 |
| Čornomorec' | 6-2 | Šachcër | 4-2 | 2-0 |
| Tobıl Kostanai | 3-1 | Slovan Liberec | 1-1 | 2-0 |
| Honka | 3-3 (gfc) |
Aalborg | 2-2 | 1-1 |
| Vėtra Vilnius | sospesa | Legia Varsavia | 3-0 | non disputata |
| Trabzonspor | 10-0 | Vllaznia | 6-0 | 4-0 |
Terzo turno
Le gare di andata sono state disputate il 21 e il 22 luglio, quelle di ritorno il 28 e il 29 luglio.
| Squadra 1 | Totale | Squadra 2 | Andata | Ritorno |
|---|---|---|---|---|
| Hajduk Kula | 2-4 | União Leiria | 1-0 | 1-4 (dts) |
| Cherno More Varna | 0-2 | Sampdoria | 0-1 | 0-1 |
| Gloria Bistriţa | 2-2 (gfc) |
Atlético Madrid | 2-1 | 0-1 |
| Oţelul Galaţi | 4-2 | Trabzonspor | 2-1 | 2-1 |
| Tobıl Kostanai | 2-0 | OFI Creta | 1-0 | 1-0 |
| Dacia | 1-5 | Amburgo | 1-1 | 0-4 |
| Čornomorec' | 1-3 | Lens | 0-0 | 1-3 |
| Rapid Vienna | 3-1 | Rubin Kazan' | 3-1 | 0-0 |
| Vėtra Vilnius | 0-6 | Blackburn Rovers | 0-2 | 0-4 |
| Hammarby | 1-1 (gfc) |
Utrecht | 0-0 | 1-1 |
| Gent | 2-3 | Aalborg | 1-1 | 1-2 |
Vincitore
Secondo la formula del torneo, in vigore dal 2006, la formazione proveniente dall'Intertoto che ha successivamente effettuato il cammino più lungo in Coppa UEFA è la squadra che si aggiudica il trofeo.
Questi i piazzamenti delle 11 squadre vincenti il terzo turno di Coppa Intertoto:
- Amburgo: Ottavi di finale. Vince la Coppa Intertoto 2007.
- Atlético Madrid: Sedicesimi di finale.
- Aalborg: Fase a gironi.
- Blackburn: Primo turno.
- Hammarby: Primo turno.
- Lens: Primo turno.
- Rapid Vienna: Primo turno.
- Sampdoria: Primo turno.
- União Leiria: Primo turno.
- Oțelul Galați: 2º turno preliminare.
- Tobyl: 2º turno preliminare.
